В 1994 году производимый с 1968 года Audi 100, подвергся очередной модернизации и получил название Audi A6, по примеру вставших на конвейер в том же году Audi A8 и Audi A4. При этом автомобиль получил новую гамму двигателей и некоторые новые элементы кузова (фары, решётку радиатора, бампера и др.), но платформа С4 досталась ему в наследство от старой Audi 100.

Также выпускалась спортивная версия Audi S6 с двигателями 2.2 л. с турбонагнетателем мощностью 230 л.с. и 4.2 л., ограниченной партией выпускалась версия Audi S6 plus quattro с двигателем 4.2 л. отличавшимся от "обычной" S6 мощностью и некоторыми другими изменениями.

Второе поколение (C5)

В 1997 году была представлена новая Audi A6. Автомобиль получил новую платформу С5 и новый кузов разработанный дизайнерами Audi под руководством Петера Шрайера. Новый стиль автомобиля стал фирменным лицом всей линейки автомобилей Audi. Новый кузов заслужил лестные отзывы за свой дизайн, и позволил Audi A6 иметь очень низкий для автомобилей своего класса коэффициент лобового сопротивления 0,28. Всё это позволило конкурировать A6 с лидерами в своём классе BMW 5-Series и Mercedes-Benz E-Class, а журнал Car and Driver включал Audi A6 в десятку лучших автомобилей в 2000 и 2001 годах.

Также выпускались спортивные модификации автомобиля A6 – Audi S6 с двигателем 4.2 л., а также была более мощная модификация Audi RS6 с двигателем 4.2 л. с двумя турбонагнетателями мощностью 450 л.с., была выпущена и ограниченная серия Audi RS6 plus с двигателем 4.2 л. также с двумя турбонагнетателями со слегка увеличенной мощностью 480 л.с., модификация RS6 plus была доступна только в кузове "универсал".

Третье поколение (C6)

Новая А6(С6) была выпущена в 2004 году. Спроектированная Уолтером де Сильва, новая А6 является эволюцией предыдущей модели, повторяя в своём дизайне фамильные черты Audi. Автомобиль получил новые электронные системы, самой известной из которой является MMI (Multi Media Interface). MMI позволяет с помощью одного джойстика управлять магнитолой, навигационной системой, климат-контролем и другими системами автомобиля. А6 первой из серийных машин получила двигатели с системой впрыска FSI. В 2005 году Audi A6 получил титул "Автомобиля планеты".

В 2006 году свет увидела спортивная версия Audi S6. Позже появилась Audi RS6.

Фейслифтинг

12 августа 2008 года на Московском автосалоне была представлена обновлёная Audi A6. Во внешности автомобиля произошли небольшие косметические изменения, а кроме того А6 получила новый двигатель 3-х литровый V6 TFSI мощностью 290 л.с.